1962 ir 1978 m. pasiektas Lietuvos futbolo taurės pusfinaliai
1978–1989 m. dalyvavimas aukščiausiojoje Lietuvos lygoje.
1993 m., 1999 m., 2012 m. ir 2015 m. Lietuvos futbolo federacijos (LFF) I-os lygos nugalėtojai.
2016 m. „Jonava“ po 27 m. pertraukos grįžo į A lygą ir užėmė 6 vietą.
2017 m. klubas tęsia kovas A lygoje (4 vieta) ir LFF taurėje.
2017-2018 m. sezone FK Jonavos Moterų komanda LMFA Futsal lygoje iškovojo 2 vietą.
2018 m. FK Jonavos moterų komanda iškovojo 1 vietą LMFA I lygoje.
2022 m. 1 vieta Lietuvos jaunimo U19 futbolo čempionate.
-item-100.jpg)